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Dans cet article, nous nous intéressons à l’assimilation des filles et garçons de nationalité étrangère dans le système scolaire suisse, en nous concentrant sur la transition en fin de scolarité obligatoire. Nous examinons empiriquement les effets de la vague migratoire, de l’âge d’arrivée et de la cohorte sur les différences de genre, en exploitant une base de données administrative du canton de Genève couvrant quinze cohortes d’élèves (1993-2007). Nos résultats montrent des écarts importants entre les différents sous-groupes de la population scolaire, indépendamment du statut socioéconomique des parents. En particulier, plus les enfants migrants arrivent tôt au sein du système scolaire, plus leur comportement de genre au moment de la transition dépend de leur appartenance ethnique ; un résultat compatible avec l’idée d’une assimilation caractérisée par une acculturation sélective.