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Se fondant sur une «analyse d'enveloppement des données» («Data Envelopment Analysis», DEA), le présent article étudie la manière dont a évolué l'efficience des différentes universités suisses de 1999 à 2007 et identifie celles dont la performance a été inférieure aux autres. La plupart des établissements ont bien maîtrisé l'exigeant processus de réforme de la décennie écoulée, malgré quelques difficultés initiales qui ont diminué leur niveau d'efficience. Celui-ci s'est davantage creusé pour les hautes écoles qui ont dû parallèlement mener à bien des restructurations internes et qui ont eu besoin de plus de temps pour parachever leur processus d'adaptation.